Procedimiento para la detección simultánea de viroides mediante el uso de polisondas. La patente consiste en la utilización de una polisonda para la detección de un número variable de secuencias nucleotídicas, mediante hibridación molecular. El sistema supone la clonación en tandem de varios fragmentos genómicos distintos en un mismo vector plasmídico lo cual permite la síntesis en la misma reacción de transcripción, de una única sonda de RNA o DNA. La invención reúne por un lado, la sensibilidad que confiere la hibridación molecular y por otro, permite disminuir los costes y el tiempo necesarios para la realización de los análisis. Es de aplicación principalmente en el campo del Fitodiagnóstico.